母公司是指控制著子公司的公司；子公司則是受母公司控制的公司；而分公司則實際上屬于公司依法設立不具備獨立法人資格但可以獨立經營的分支機構。
子公司一般是指母公司出資設立的被母公司控股的具有獨立法人資格的公司。一般來說母公司在子公司都擁有相當一部分股權，有很強的控制力，但是子公司本身具有獨立的企業法人資格，依法獨立承擔民事責任。一般來說，如果母公司控股比例達到50％以上，稱為"絕對控股"；如果子公司的股東較多其中母公司控股比例在所有股東中最高但又不超過50％，稱為"相對控股"。
由于分公司與子公司的法律地位不同，其作為民事活動主體參加民事活動的法律意義也大相徑庭。主要有以下幾方面：
1、設立方式不同。
子公司一般由兩個以上股東發起設立，是獨立法人，獨立承擔民事責任，在其自身經營范圍內獨立開展各種業務活動；分公司由設立公司在其住所地之外向當地工商部門依法設立，設立時不要求注冊資金，屬于總公司的分支機構，雖然也可以獨立開展業務活動，但應在公司授權范圍內進行。一般而言，這種授權以申請設立分公司的方式為表現。也就是說，在工商部門申請設立分公司，就視為公司授權分公司開展公司經營范圍以內的活動。分公司的經營范圍不能超過總公司的經營范圍。
2、工商登記方式和名稱不同。
子公司在工商部門領取《企業法人營業執照》；分公司則領取《營業執照》。企業的名稱上，也有很大不同。子公司的名稱最后都是xxx有限責任公司或xxx股份有限公司；分公司的名稱最后都是xxx有限公司xxx分公司。
3、訴訟中的法律效果不同。
子公司由于是獨立法人，只能就其自身資產追究民事責任，除出資人（即子公司的各股東）出資不實或出資后抽逃資金的情況之外，不能清償的部分也不能向出資人追償；而分公司不是獨立法人，業務開展過程中出現不能履行債務的情形時，債權人可以要求總公司承擔清償義務。在訴訟中，可以直接把總公司列為共同被告要求承擔責任。
4、承擔債務的方式不同。
子公司股東僅以出資額為限對公司債務承擔有限責任，分公司則先以自有資產承擔，不足部分由總公司承擔連帶責任。
子公司與分公司是現代大公司企業經營組織的重要形式。一家公司為什么安排它的某些附屬單位作為子公司，而另一些附屬單位又作為分公司？子公司與分公司，到底哪個才是公司在設立分支機構的上上之選呢？在回答這些問題之前，我們先來看看分公司和子公司的特點：
（一）分公司
分公司是與總公司或本公司相對應的一個概念。許多大型企業的業務分布于全國各地甚至許多國家，直接從事這些業務的是公司所設置的分支機構或附屬機構，這些分支機構或附屬機構就是所謂的分公司。而公司本身則稱之為總公司或本公司。
分公司與總公司的關系雖然同子公司與母公司的關系有些類似。但分公司的法律地位與子公司完全不同，它沒有獨立的法律地位。
分公司是總公司下屬的直接從事業務經營活動的分支機構或附屬機構。雖然分公司有公司字樣，但它不是真正意義上的公司。因為分公司不具有企業法人資格，不具有獨立的法律地位，不獨立承擔民事責任。
分公司的特征具體表現為： ①分公司沒有自己的獨立財產，其實際占有、使用的財產是總公司財產的一部分，列入總公司的資產負債表中。 ②分公司不獨立承擔民事責任。③分公司不是公司，它的設立不須依照公司設立程序，只要在履行簡單地登記和營業手續后即可成立。 ④分公司沒有自己的章程，沒有董事會等形式的公司經營決策和業務執行機關。 ⑤分公司名稱，只要在總公司名稱后加上分公司字樣即可。
（二）子公司
子公司是與母公司相對應的法律概念。母公司是指擁有另一公司一定比例以上的股份或通過協議方式能夠對另一公司實行實際控制的公司。子公司是指一定比例以上的股份被另一公司所擁有或通過協議方式受到另一公司實際控制的公司。子公司具有法人資格，可以獨立承擔民事責任，這是子公司與分公司的重要區別。
1、子公司受母公司的實際控制。所謂實際控制是指母公司對子公司的一切重大事項擁有實際上的決定權，其中尤為重要的是能夠決定子公司董事會的組成。在未經他人同意的情況下，母公司自己就可以通過行使權力而任命董事會的多名董事。某些信托機構雖然擁有公司的大量股份，但并不參與對公司事務的實際控制，因而不屬于母公司。
2、母公司與子公司之間的控制關系是基于股權的占有或控制協議。根據股東會多數表決原則，擁有股份越多，越能夠取得對公司事務的決定權。因此，一個公司如果擁有了另一公司50％以上的股份，就必然能夠對該公司實行控制。但實際上由于股份的分散，只要擁有一定比例以上的股份，就能夠獲股東會表決權的多數，即可取得控制的地位。除股份控制方式之外，通過訂立某些特殊契約或協議而使某一公司處于另一公司的支配之下，也可以形成母公司、子公司的關系。
3、母公司、子公司各為獨立的法人。雖然子公司處于受母公司實際控制的地位，許多方面都要受到母公司的管理，有的甚至類似母公司的分支機構，但法律上，子公司仍是具有法人地位的獨立公司企業，它有自己的公司名稱和公司章程，并以自己的名義進行經營活動，其財產與母公司的財產彼此獨立，各有自己的資產負債表。在財產責任上，子公司和母公司也各以自己所有財產為限承擔各自的財產責任，互不連帶。
通過持有其他公司一定比例以上的股份而對其實行控制的公司，又稱控股公司。母公司與控股公司是可以通用的兩個概念，子公司也可以通過控制其他公司一定比例以上的股份而成為控股公司，被控股的公司成為孫公司。母公司通過控制眾多的子公司、孫公司而成為龐大的公司集團。母公司只要通過較少的資本就可以利用子公司的資本購買別的公司，組建起金字塔型的公司集團模式。
（三）不同
《公司法》規定，公司可以設立分公司，分公司不具有企業法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有企業法人資格，依法獨立承擔民事責任。 子公司與分公司的區別具體為：
（1）子公司是獨立的法人，擁有自己獨立的名稱、章程和組織機構，對外以自己的名義進行活動，在經營過程中發生的債權債務由自己獨立承擔。分公司則不具備企業法人資格，沒有獨立的名稱，其名稱應冠以隸屬公司的名稱，由隸屬公司依法設立，只是公司的一個分支機構。
（2）母公司對子公司的控制必須符合一定的法律條件。母公司對子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用間接控制方式，即通過任免子公司董事會成員和投資決策來影響子公司的生產經營決策。而分公司則不同，其人事、業務、財產受隸屬公司直接控制，在隸屬公司的經營范圍內從事經營活動。
（3）承擔債務的責任方式不同。母公司作為子公司的最大股東，僅以其對子公司的出資額為限對子公司在經營活動中的債務承擔責任；子公司作為獨立的法人，以子公司自身的全部財產為限對其經營負債承擔責任。分公司由于沒有自己獨立的財產，與隸屬公司在經濟上統一核算，因此其經營活動中的負債由隸屬公司負責清償，即由隸屬公司以其全部資產為限對分公司在經營中的債務承擔責任。
（四）稅收角度的衡量
子公司與分公司是現代大公司企業經營組織的重要形式。一家公司為什么安排它的某些附屬單位作為子公司，而另一些附屬單位又作為分公司？這恐怕最主要要從稅收籌劃的角度來分析，因為在市場競爭日趨激烈的條件下，一切合法的有利于提高企業經濟效益的措施均是企業考慮的重點，而選擇有利于納稅優惠的組織形式，正是達到這一目標的重要途徑之一。
世界各國（包括我國）對子公司和分公司在稅收待遇等方面有著許多不同的規定，這就為企業或跨國公司設立附屬企業的組織形式提供了選擇空間。一般來說，設立子公司有如下好處：
1．在東道國同樣只負有有限的債務責任（有時需要母公司擔保）；
2.子公司向母公司報告企業成果只限于生產經營活動方面，而分公司則要向總公司報告全面情況；
3.子公司是獨立法人，其所得稅計征獨立進行。子公司可享受東道國給其居民公司提供的包括免稅期在內的稅收優惠待遇，而分公司由于是作為企業的組成部分之一派住國外，東道國大多不愿為其提供更多的優惠；
4.東道國運用稅率低于居住國時，子公司的累積利潤可得到遞延納稅的好處；
5.子公司利潤匯回母公司要比分公司靈活的多，這等于母公司的投資所得、資本利得可以持留在子公司，或者可經選擇稅負較輕的時候匯回，得到額外的稅收利益。
6.許多國家對子公司向母公司支付的股息規定減征或免征預提稅。
對設立分公司規定的好處一般有：
1.分公司一般便于經營，財務會計制度的要求也比較簡單；
2.分公司承擔成本費用可能要比子公司節省；
3.分公司不是獨立法人，就流轉稅在所在地繳納，利潤由總公司合并納稅。在經營初期，分公司往往出現虧損，但其虧損可以沖抵總公司的利潤，減輕稅收負擔；
4.分公司交付給總公司的利潤通常不必繳納預提稅；
5.分公司與總公司之間的資本轉移，因不涉及所有權變動，不必負擔稅收。
上述可見，子公司和分公司的稅收利益存在著較大差異，公司企業在選擇組織形式時應細心比較、統籌考慮、正確籌劃。但總體上看兩種組織形式最重要的區別在于：
子公司是獨立的法人實體，在設立國被視為居民納稅人，通常要承擔與該國其它公司一樣的全面納稅義務。分公司不是獨立的法人實體，在設立分公司的所在國被視為非居民納稅人，只承擔有限的納稅義務。分公司發生的利潤與虧損要與總公司合并計算，即“合并報表”。我國稅法也規定，公司的下屬分支機構繳納所得都有兩種形式：一是獨立申報納稅；一是合并到總公司匯總納稅。而采用哪種形式繳稅則取決于公司下屬分支機構的性質--是否為企業所得稅獨立的納稅義務人。
這里必須指出，境外分公司與總公司利潤合并計算，所影響的是居住國的稅收負擔，至于作為分公司所在的東道國，往往照樣要對歸屬于分公司本身的收入課稅，這就是實行所謂收入來源稅收管轄權。而設立在境內分公司則不存在這個問題，對這一點企業在稅籌劃時應加以關注。
公司企業在設立下屬分支機構時，應采取哪一種最有利的經營組織形式，可以獲得較多的稅收利益呢？
開辦初期，下屬企業可能發生虧損，設立分公司，因與總公司“合并報表”沖減總公司的利潤后，可以減少應稅所得，少繳所得稅。而設立子公司就得不到這一項好處。但如果下屬企業在開設的不長時間內就可能盈利，或能很快扭虧為盈，那么設立子公司就比較適宜，可以得到作為獨立法人經營便利之處，還可以享受未分配利潤遞延納稅的好處。除了在開辦初期要對下屬企業的組織形式精心選擇外，在企業的經營、運作過程中，隨著整個集團或下屬企業的業務發展，盈虧情況的變化，總公司仍有必要通過資產的轉移、兼并等方式，對下屬分支機構進行調整，以獲得更多的稅收利益。設立分公司還是通過控股形式組建子公司，在納稅規定上就有很大不同。由于分公司不是一個獨立法人，它實現的盈虧要同總公司合并計算納稅，而子公司是一個獨立法人，母、子公司應分別納稅，而且子公司只有在稅后利潤中才能校股東占有的股份進行股利分配。一般說來，如果組建的公司一開始就可盈利，設立子公司就更為有利。在子公司盈利的情況下，可享受到當地政府提供的各種稅收優惠和其他經營優惠。如果組建的公司在經營初期發生虧損，那么組建分公司就更為有利，可減輕總公司的稅收負擔。
例如某公司在經營初期，下屬分支機構出現虧損，分公司虧損可與總公司合并計算，于是公司總部開始時選擇了建立分公司的組織形式。經營幾年后，分公司轉虧為盈，為了享受稅收遞延的好處，決定把分公司的生產經營業務逐步轉移
到另一家子公司去，或者干脆把分公司兼并到子公司中去，如果是整個分公司轉移給子公司，那就必須考慮：
① 是否要繳納財產轉移稅，有沒有稅收優惠的規定？
② 全面衡量子公司有哪些好處和壞處，尤其是稅收總負擔的比較；
③ 假定產權轉移沒有多大好處，而子公司的生產規模需要擴大，是否可以采取把分公司的資產所有權不轉移，只是粗憑給子公司使用；
④ 存貨也可以采取委托代銷的方式，這樣在受托方未銷售之前可以不繳稅；
⑤ 要特別了解一下，居住國與收入來源國對分公司與子公司虧損結轉抵補的稅收待遇。假定分公司的虧損可沖抵總公司的利潤，在分公司未轉虧為盈時，不宜轉移為子公司。
