主要區別：
第一，報告名稱不同，一個叫審計報告，一個叫企業所得稅匯算清繳鑒證報告。
第二、使用對象不同，前者可以廣泛用于包括稅務部門在內的政府機構部門、銀行貸款、新投資人、董事會、股東社會公眾等等，后者主要用于稅務機關或審計機關。
第三、報告內容不同，前者可以但并不限于包括所得稅清繳事項，后者局限于所得稅清繳事項，所以后者又可以稱為專項審計報告。
第四、審計依據不同，前者主要依據審計準則和會計制度等標準，后者主要依據稅務法規文件，不主要依從會計法規。
二者差異可以舉例說明如下：企業所得稅匯算清繳鑒證報告對于有時候一些不符合稅法扣除標準的一些費用必須給踢出來，一些不能入賬的票據都要查出來?？纯雌髽I是不是正常的納稅，如果有些地方不正常、不對，就需要補交稅款。
但是審計報告依據不同，未必會用相同標準剔除。
