為了規范外貿出口經營秩序，加強出口貨物退（免）稅管理，防范騙取出口退稅違法犯罪活動，國家稅務總局決定，自2006年1月1日開始對出口企業出口貨物退（免）稅有關單證實行備案管理制度。嗣后該制度幾經補充調整，其內容漸趨完善，但是分散于多個文件，不便學習使用。小編特作如下歸納整理，以饗讀者。
一、備案單證的對象
出口貨物，不包括出口勞務、出口服務。
二、備案單證的種類
（一）外貿企業購貨合同、生產企業收購非自產貨物出口的購貨合同，包括一筆購銷合同下簽訂的補充合同等。
該合同是指國內出賣人轉移標的物的所有權于國內買受人，買受人支付價款的合同。
（二）出口貨物裝貨單，是出口貨物托運中的一張重要單據，它既是托運人向船方（或陸路運輸單位）交貨的憑證，也是海關憑以驗關放行的證件。只有經海關簽章后的裝貨單，船方（或陸路運輸單位）才能收貨裝船、裝車等。因此，實際業務中，裝貨單又稱為“關單”。“出口貨物裝貨單”可不需要海關簽章。
（三）出口貨物運輸單據，包括：
1.海運提單，是承運人或其代理人收到貨物后簽發給托運人的，允諾將該批貨物運至指定目的港交付給收貨人的一張書面憑證。每份正本提單的效力是同等的，只要其中一份憑以提貨，其他各份立即失效。它是國際運輸中十分重要的單據，也是買賣雙方貨物交接、貨款結算最基本的單據。
2.航空運單，是托運人和承運人之間就航空運輸貨物運輸所訂立的運輸契約，是承運人出具的貨物收據，不是貨物所有權的憑證，不能轉讓流通。
3.鐵路運單，是鐵路部門與貨主之間締結的運輸契約，不代表貨物所有權，不能流通轉讓，不能憑以提取貨物；其中的“貨物交付單”隨同貨物至到站，并留存到達站；其中的“運單正本”、“貨物到達通知單”聯次隨同貨物至到站，和貨物一同交給收貨人；該單上面載出口合同號。
4.貨物承運收據，是托運人和承運人之間訂立的運輸契約，是我國內地運往港澳地區貨物所使用的一種運輸單據，是承運人出具的貨物收據，上面載有出口發票號、出口合同號；其中的“收貨人簽收”由收貨人在提貨時簽收，表明已收到貨物。
5.郵政收據，是貨物收據，是收件人憑以提取郵件的憑證。
6.出口企業承付運費的國內運輸單證。
若有無法取得上述原始單證情況的，出口企業可用具有相似內容或作用的其他單證進行單證備案。
三、不實行或暫不實行備案單證管理的情形
（一）視同出口貨物及對外提供修理修配勞務不實行備案單證管理。
（二）對于外商投資企業采購國產設備退稅、中標機電產品退稅、出口加工區水電氣退稅等沒有貨物出口的特殊退稅政策業務，暫不實行備案單證管理制度。
（三）經國務院批準開展市場采購貿易方式試點的市場集聚區，其市場采購貿易綜合管理系統的免稅管理系統經國家稅務總局驗收后，出口貨物免稅不實行備案單證管理。
（四）橫琴、平潭區內購買企業購進貨物（含水、蒸汽、電力、燃氣）退稅，不實行備案單證管理。
四、備案方式
對于出口企業備案的單證是電子數據或無紙化的，可以采取以下兩種方式其中之一進行備案：
（一）對于出口企業沒有簽訂書面購銷合同，而訂立的是電子合同、口頭合同等無紙化合同，凡符合我國《合同法》規定的，出口企業將電子合同打印、口頭合同由出口企業經辦人書面記錄口頭合同內容并簽字聲明記錄內容與事實相符，加蓋企業公章后備案。
對于其他單證的備案，如為國家有關行政部門采取了無紙化管理辦法使出口企業無法取得紙質單證或企業自制電子單證等情況，出口企業可采取將有關電子數據打印成紙質單證加蓋企業公章并簽字聲明打印單證與原電子數據一致的方式予以備案。
（二）除口頭合同外，對于出口企業訂立的電子購銷合同、國家有關行政部門采取無紙化管理的單證以及企業自制電子單證等，出口企業可提出書面申請并經主管稅務機關批準后，可以采用電子單證備案管理，即以電子數據的方式備案有關單證。出口企業應保證電子單證備案的真實性，定期將有關電子數據進行備份，在稅務機關按規定調取備案單證時，應按稅務機關要求如實提供電子數據或將電子數據打印并加蓋企業公章的紙制單證。
五、備案時限、期限和地點
出口企業應在申報出口退（免）稅后15日內，將所申報退（免）稅貨物的上列單證備案，按申報退（免）稅的出口貨物順序，填寫《出口貨物備案單證目錄》，注明備案單證存放地點，以備主管稅務機關核查。除另有規定外，備案單證由出口企業存放和保管，不得擅自損毀，保存期為5年。
六、備案單證的核查
退稅機關調查評估崗對《審核疑點業務處理表》中所列的審核疑點可采取要求出口企業提供收匯憑證、備案單證或其他相關資料進行案頭分析、稅務約談、實地核查等方式進行核實。
退稅機關調查評估崗在疑點處理、退稅評估、日常檢查時，可根據需要結合分類管理的要求，按照一定比例核查企業的備案單證。因出口貨物的成交方式特殊，企業沒有有關備案單證的，調查評估崗應對出口企業報送的書面說明及相應的證明材料進行核實。
出口退(免)稅無紙化管理試點單位受理試點企業出口退（免）稅申報等出口稅收申請事項時，如存在涉嫌騙取出口退稅等疑點的，應要求試點企業按規定提供收匯憑證、備案單證等，并需審核紙質憑證。
七、違章處理
（一）未按規定進行單證備案
1.出口企業或其他單位未按規定進行單證備案（因出口貨物的成交方式特性，企業沒有有關備案單證的情況除外）的出口貨物，不得申報退（免）稅，適用免稅政策。已申報退（免）稅的，應用負數申報沖減原申報。
2.納入商務部、海關總署、稅務總局、質檢總局和外匯局聯合開展外貿綜合服務企業試點工作范圍的外貿綜合服務企業存在未按規定收集、裝訂、存放出口退（免）稅備案單證的，其申報的出口退（免）稅，國稅機關應按規定予以核實、處理，不受5個工作日辦結出口退（免）稅手續時限的限制。
3.未按規定裝訂、存放和保管備案單證的，主管稅務機關應按照《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十條規定予以處罰。
（二）提供虛假備案單證
1.出口企業或其他單位提供虛假備案單證的貨物，不適用增值稅退（免）稅和免稅政策，適用增值稅征稅政策。
2.主管稅務機關如果發現出口企業或其他單位出口貨物的提單或運單等備案單證為偽造、虛假的，按財稅〔2012〕39號文件第七條第（一）項第4目和第5目規定，適用增值稅征稅政策。查實屬于偷騙稅的，應按相應的規定處理。
3.出口企業按規定向國家商檢、海關、外匯管理等對出口貨物相關事項實施監管核查部門報送的資料中，屬于申報出口退（免）稅規定的憑證資料及備案單證的，如果上述部門或主管稅務機關發現為虛假或其內容不實的，其對應的出口貨物不適用增值稅退（免）稅和免稅政策，適用增值稅征稅政策。查實屬于偷騙稅的按照相應的規定處理。
4.出口企業提供虛假備案單證的，主管稅務機關應按照《中華人民共和國稅收征收管理法》第七十條的規定處罰。
（三）拒絕提供有備案單證
主管國稅機關發現一類、二類、三類出口企業拒絕提供有關出口退（免）備案單證的，應自發現之日起20個工作日內，將其出口企業管理類別調整為四類。上一年度發生過拒絕向國稅機關提供有關出口退（免）稅備案單證的出口企業，其出口企業管理類別應評定為四類。
