那么出口企業應如何操作免稅申報呢？
根據國稅公告2013 12號第三條之規定，出口企業應將以下憑證按《免稅出口貨物勞務明細表》載明的申報順序裝訂成冊，留存企業備查：
1.出口貨物報關單（如無法提供出口退稅聯的，可提供其他聯次代替）；
2. 出口發票；
3. 委托出口的貨物，還應提供受托方主管稅務機關出具的代理出口貨物證明；
4. 屬購進貨物直接出口的，還應提供相應的合法有效的進貨憑證。合法有效的進貨憑證包括增值稅專用發票、增值稅普通發票及其他普通發票、海關進口增值稅專用繳款書、農產品收購發票、政府非稅收入票據；
5. 以旅游購物貿易方式報關出口的貨物暫不提供上述第2、4項憑證。
另外根據國稅公告2013 65號第八條規定，出口企業在向主管稅局辦理免稅申報時不再提供免稅出口貨物勞務明細表》及電子數據，出口貨物報關單、合法有效的進貨憑證等留存企業備查的資料，應按出口日期裝訂成冊。（自2014年1月1日執行，江蘇地區采用擎天操作系統的，榮需要在擎天系統中填寫免稅明細表向稅局提供）
根據以上規定，出口企業在做免稅申報時，只需要把相應的單據按免稅業務的出口日期裝訂成冊留存企業備查即可。
對于外貿企業，由于出口后不論是享受退稅還是免稅的都在申報增值稅時直接填寫在附表一第18欄和主表第8欄，并在減免稅申報明細表中的“出口免稅”項目中填列，因此外貿企業發生超期未申請退稅需要改為免稅申報的，其增值稅申報表不需要調整。
對于生產企業，由于采用免、抵、退辦法退稅，其出口銷售額在符合退稅時直接填列在附表一第16欄和主表第7欄的“免抵退稅”銷售額，在發生不能退稅需要改為免稅時，需要把原來的免抵退銷售額改為免稅銷售額，即需要把免抵退銷售額調整到附表一第18欄和主表第8欄，并需要在減免稅申報明細表中填列在“出口免稅”項目中。
（注意：自去年底開始，有一些地區如上海，金三系統調整了免稅銷售額的比對關系，出口企業在填寫免稅銷售額后再填減免稅申報明細表時會提示比對不過的現象，這種情況下企業需要去稅局大廳手工申報，或者按某些地區的土辦法，免稅銷售額不填了，直接填在免抵退銷售額中）
